| Gaussian03在linux下的安装和使用 |
| 作者：兔子睡醒了 厚朴教育来源：网络 点击数：2756 更新时间：2/25/2011 |
| 先说一下，我安装的环境suse企业版9.0（sp1）64位，cpu个数是4个，内存5G，硬盘空间是110G,在官网上说Gaussian03默认是支持的linux是suse9.0。其实大多数的linux的内核都是一样的，只不过是名字不同而已。 我从网上下载的版本是g03e01-em64t.tar.gz，据说是Gaussian03的最新版本。这里要说明一下，INTER和AMD两大提供 cpu厂商对Gaussian03的支持都是不同的，最好能下载针对自己服务器cpu的Gaussian03版本，这样才能发挥服务器的最大能力。 Gaussian03的并行运算分两种。一种是在网上经常看到的cluster，就是把几台单机通过100/1000M以太网联起来，通过linux下的 NFS和NIS来进行并行运算。这种并行是基于文件系统级的并行运算，运算的速度取决于网络的速度和操作系统、文件系统的配合以及单机IO的能力。使用这 种模式的时候，要使用一个叫linda的并行程序，一定要注意Gaussian03支持的linda版本号。另一种就是在支持多CPU的单服务器上做多 cpu间的并行运算。这种模式对服务器的投资很大，但是由于服务器的体系构架与单机PC有很大的不同，多CPU间并行运行没有网络带宽的限制，而且服务器 的IO的技术是基于SCSI，其速度明显高于PC的IO。目前的服务器大多数都支持64位操作系统，64位操作系统可以使用超过4G的内存和文件大小支持 超过16G，这一点对Gaussian03很的重要，因为在做Gaussian03运算的时候，我发现Gaussian03有时候产生大于16G临时文 件，如果在32位操作系统下会运算失败的。 闲言少叙，直入主题吧。 1、装好的suse下建一个用户，我建的用户是abis（名字无所谓） 2、用abis登陆，ftp将g03e01-em64t.tar.gz传到用户目录下（我的是/home/abis/home/下） 3、使用tar -xvf g03e01-em64t.tar.gz将包解开，在abis用户目录下会有一个g03的目录。 4、修改环境变量。vi .bashrc 添加如下： export GAUSS_EXEDIR=/home/abis/home/g03 export g03root=/home/abis/home/g03 export D_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/abis/home/g03 export PATH=$PATH:/home/abis/home/g03 export GAUSS_SCRDIR=/tmp/g03(这个是临时文件目录，随便定义，但是要求大小空间50G以上） 这个时候你就可以进行运算了。 1、先做一个输入文件。在windows下Gaussian03生成一个gjf文件。如果想用linux的多cpu文件做如下修改， section： %nproc=4 服务器是4cpu %mem=4096MB 服务器是5G,千万不要全占了 %rwf=1，2000，2，2000.......（针对临时目录小和32位操作系统不支持超过2G文件，可以生成多个2G的临时文件）我做个8个2G的文件的测试。 2、将这个gjf文件ftp到abis用户目录下，注意一定要执行这个命令 dos2unix *.gjf 3、剩下的就是运算了 g03 *.gjf 4、观察运算结果 tail -f *.log 做一个小总结： 1、在windows下修改%nproc是无效的，修改%mem好像效果也不明显。 2、一定要注意临时文件的大小，这是最容易出错的地方，我的临时文件目录是100G 最后，我用我的一个实际应用来说明linux很厉害。我有一个Gaussian03计算在windows2003下运行了8小时44分钟，但是在硬件平台不变的情况下，在suse linux下运行了1个小时。原链接：http://hi.baidu.com/%CD%C3%D7%D3˯%D0%D1%C1%CB/home |
Gaussian
软件安装方法整理成功版
2011-05-10 15:06:37|
分类：
Gaussian
|
标签：
gaussian install
|
字号
订阅
GAUSSIAN 09
1. Obtain Gaussian 09
Gaussian 09 is a commercial software product and must be purchased from Gaussian, Inc. Both source code and pre-compiled binary
versions of Gaussian 09 are available.
2. Setup gaussian group and add authorized users to this group
$ su
# cd /etc
# cp -p group group.bak
# cp -p gshadow gshadow.bak
# grep 499 group
# groupadd -g 499 gaussian
# usermod -a -G gaussian webmo
# usermod -a -G gaussian smith
# usermod -a -G gaussian jones
3. Copy binary distribution from CD-ROM
# mount /mnt/cdrom
# cd /usr/local
# cp -p /mnt/cdom/tar/*.TGZ .
# umount /mnt/cdrom
4. Extract files
# tar xzvf *.TGZ
# chown -R :gaussian g09
# exit
5.
setup the envirmental parameters for G09 in /etc/bashrc file
vi /etc/bashrc file
## Gaussian 09 setup
export g09root=/usr/local
export GAUSS_SCRDIR=/usr/local/g09/scratch
export GAUSS_EXEDIR=/usr/local/g09
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/g09
export PATH=/usr/local/g09:$PATH
source $g09root/g09/bsd/g09.profile
6.
Setup the properties for some important files:
chmod -R 710 ./g09
chmod -R 777 ./g09/scratch/
chmod -R 755 ./g09/bsd/g09.profile
$ source /etc/bashrc
7. Run a test job from the command line
$ cd ~
$ mkdir g09
$ cd g09
$ cp -p /usr/local/g09/tests/com/test001.com test001.com
$ cp -p /usr/local/g09/tests/ia64/test001.log test001.log.ia64
$ g09 < test001.com > test001.log.linux
$ tail test001.log.ia64
$ tail test001.log.linux
8.
安装完高斯
gaussian
运行后的错误提示及可能的解决方法
8.1.
出现
“cannot execute binary file”
的错误提示
很有可能安装的高斯版本与当前
linux
系统的位数不符合，比如
64
位的高斯装在
32
位系统上就会出这样的错误提示。也有可能是安装文件错误或
操作系统缺少某些库。
查看当前
redhat Linux
版本是
32
位还是
64
位的命令：
用
getconf LONG_BIT
，
而非
getconf WORD_BIT
。
32
位模型下，
一般是
ILP32
，
即
int
，
long
，
pointer
都是
32
位长；
64
位模型下，
一般是
LP64
，
即
long
，
pointer
是
64
位，而
int
可能还是
32
位，也可能是
64
。
此外，也可以使用命令
“uname
-
a”
或
“uname
-
m”
，若结果里有
i386
或者
i686
则表示当前
Linux
系统是是
32
位的，若结果中有
x86_64
则表示是
64
位的。
8.2.“Probably out of disk space”
错误提示
具体为：
Erroneous write during file extend. write 448 instead of 4096
Probably out of disk space.
Write error in NtrExt1: No such file or director
有可能是
GAUSS_SCRDIR
部分对应的临时文件夹的权限有问题，
用
chmod 777 -R foldername
命令可以解决权限为题。
另外，
如果是
Red Hat
的
话，在
root
权限下输入以下语句或者在
/etc/rc.local
文件末尾加入：
echo 0 > /proc/sys/kernel/randomize_va_space
8.3.no such file or directory
安装完毕运行
g03
时出现了
“bash:./userid/g03/g03/bsd/g03.profile:no such file or directriy”
或者
“g03 :commands is not found”
的错误提示，有可能
是没有正确设置
Gaussian
的路径。对照着重新设置，最后再重新
source
一下
bash
或
csh
文件。
另外，我还遭遇过这种情况：无法在
/tmp/
文件里创建文件，原因是不知什么时候被我把
/tmp/userid/
这个目录删除了。这是只要在
/tmp/
下新建一
个具有读写删除权限的名为
userid
的目录即可解决问题。注意，这里
userid
泛指当前登录计算机的用户名。