convpdb.pl -segnames -center -nossbond -nsel A:peptide:heavy 6PTI.pdb |complete.pl |minCHARMM.pl >6pti.pdb

pdb2gmx -f 6pti.pdb -ignh -o 6pti.gro

(pdb2gmx -f 6pti.pdb -ignh -glu -asp -arg -ter -missing -o 6pti.gro)

editconf -f 6pti.gro -o 6pti_box.gro -c -d 1.0 -bt cubic

genbox -cp 6pti_box.gro -cs spc216.gro -p topol.top -o 6pti_water.pdb

grompp -f ions.mdp -c 6pti_water.pdb -p topol.top -o 6pti_water.tpr

(600 602 603 604 1 gd_39 ;added by wei)

genion -s 6pti_water.tpr -o 6pti_solvated_ionized.pdb -p topol.top -conc 0.15 -neutral -pname NA+ -nname CL-

when prompt, choose 12 SOL

grompp -f minim.mdp -c 6pti_solvated_ionized.pdb -p topol.top -o em.tpr

mdrun -v -deffnm em

g_energy -f em.edr -o potential.xvg (choose 10 0)

xmgrace potential.xvg

grompp -f equilib_NVT.mdp -c em.gro -p topol.top -o eq.tpr

mdrun -v -deffnm eq

grompp -f equilib_NPT.mdp -c eq.gro -p topol.top -o eq2.tpr

mdrun -v -deffnm eq2

grompp -f md.mdp -c eq2.gro -p topol.top -o md_01.tpr

mdrun -v -deffnm md_01